財政部將於近日核釋依金融控股公司法第49條及企業併購法第40條規定選擇合併辦理營利事業所得稅結算申報(以下稱連結稅制)之母公司及其各本國子公司，如有短漏報所得額情事，於適用財政部相關函釋有關短漏報情節輕微可適用所得稅法第39條以前年度虧損扣除規定之比例標準(已依稅捐稽徵法第48條之1規定自動補報者適用之比例標準為10%，其他為5%)時，申報扣除年度按個別公司短漏報課稅所得額占該公司全年所得額之比例判定；虧損年度按個別公司短漏之所得額占該公司全年核定可供以後年度扣除之虧損金額之比例判定。
財政部說明，我國現行連結稅制係採損益連結制，合併申報之母公司與其持股90%以上之本國子公司係視為同一所得稅納稅主體，參與合併申報之各公司當年度課稅所得額及虧損額可相互抵銷，投資抵減獎勵可共同適用，以減輕其所得稅負擔。惟因各該公司仍具有獨立之法人人格並應單獨設立帳簿，且所得稅法第39條第1項但書規定適用以前年度虧損扣除之要件(以下簡稱盈虧互抵適用要件)，係依個別公司訂定，故上開母、子公司符合該條項規定要件可自當年度純益額中扣除之以前年度虧損金額應以個別公司為衡量基礎。
財政部進一步說明，合併申報之母公司及其各本國子公司如不符合前開所得稅法規定盈虧互抵適用要件時，按合併申報年度各公司當年度營業之所得額或虧損額，經相互抵銷、合併計算後為虧損或有所得額之情形，分別依下列規定辦理：
一、合併計算後為虧損：虧損之公司當年度如有不符合盈虧互抵適用要件之情形，應以核定合併營業虧損額為準，按該公司當年度之核定營業虧損額占該年度合併申報各公司核定營業虧損額合計數之比例，計算不得依所得稅法第39條規定自以後年度核定合併結算申報所得額中扣除之虧損金額。
二、合併計算後有所得額：有所得之公司當年度如有不符合盈虧互抵適用要件之情形，應以核定合併結算申報所得額為準，按該公司當年度之核定課稅所得額占該年度有所得之各公司核定課稅所得額合計數之比例，計算不得依所得稅法第39條規定扣除以前年度核定合併營業虧損額之所得金額。