通常社會大眾對各種非營利組織（包括各種協會、基金會等等）有個印象，就是完全不用繳稅，但事實上並不一定。非營利組織屬於「有條件免納所得稅」，而非「當然免稅」。本文分為收入、支出、及其他三方面探討。

一、收入方面的稅務問題

收入方面的問題，主要是判斷是否需開立發票、是否需繳納所得稅。大致分為三類：

銷售貨物或勞務：應納營業稅及所得稅。

其他應稅所得：不適用營業稅，但仍需繳納所得稅。

免稅所得：不需繳納營業稅及所得稅。

摘要如下表：

（一）銷售貨物或勞務

非營利組織收到錢的同時，如果承擔一定義務，且彼此存在對價關係，就屬於「銷售貨物或勞務」。常見的包括：

1. 須執行特定作業之政府補助款

政府補助款不一定是免稅收入。如果需執行特定作業方可領取之政府補助款，則屬於「銷售勞務」，包括：

➣ 承辦政府委辦業務。例如身心障礙福利機構接受政府機關安置收托或收容身心障礙者，所領取之托育及養護補助費。

➣參加政府機關辦理之計畫，須按計劃執行特定作業項目才可領取，且執行成果屬於政府機關或雙方共有。

2. 受邀演講、辦理演習所收取費用

例如消防公會受邀到長照中心演講及辦理演習，向長照中心收取之費用，因為存在對價關係，亦屬於「銷售勞務」⁴。

3. 辦理各項訓練課程收取之報名費、學費

提供訓練課程並向學員收取報名費，亦存在對價關係，所以屬於「銷售勞務」。

4. 營業收入

例如身心障礙福利機構販售身心障礙者製作之產品，屬於「銷售貨物」。

5. 房租收入

非營利組織將閒置的空間出租，收取租金，亦屬於「銷售勞務」。

例外：慈善救濟團體之義賣義演收入，不視為銷售貨物或勞務

雖然存在對價關係，但慈善救濟團體舉辦義賣或義演的買方，除了購買產品本身之外，還帶有捐贈目的，與普通的買賣不太相同，所以不視為銷售貨物或勞務。

如何繳納營業稅

如果非營利組織有來自銷售貨物或勞務收入，有兩種完稅方式可以選擇：

登記營業稅籍：登記稅籍後，就可以與一般公司相同，針對這部分收入開立統一發票，每兩個月申報一次營業稅，亦可扣抵進項稅額。

不登記營業稅籍：在無法開立統一發票的情況下，應就每筆交易每次銷售額，填寫五聯式「機關團體銷售貨物或勞務申報銷售額與營業稅繳款書（407繳款書）」，交給買方、納稅、申報。但這種完稅方式無法扣抵相關進項稅額。

（二）其他應稅所得

有些收入不存在對價關係，並不屬於銷售貨物或勞務，所以不適用營業稅，不必開發票，但也不屬於免所得稅範圍，所以仍需繳納所得稅，例如：

1. 現金股利、股票股利

一般公司收到股利免計入所得額，但非營利組織不同，不論現金股利、股票股利，都需繳納所得稅。

2.「允許的低風險投資」以外之投資相關所得

原則上，非營利組織只能從事以下低風險投資，此範圍以外的投資產生之孳息及阻份利益無法免稅，例如投資境外基金，因為境外基金並不在其中，因此投資境外基金相關孳息、處分利益，都需要繳納所得稅：

➣公債、公司債、金融債券、國庫券

➣可轉讓之銀行定期存單、銀行承兌匯票、銀行或票券金融公司保證發行之商業本票

➣上市、上櫃公司股票、國內證券投資信託公司發行之受益憑證

（三）免稅收入

除了以上（一）銷售貨物或勞務、（二）其他應稅所得以外，原則上都是免稅所得。例如：

捐款收入。但如果符合以下條件，可不視為收入：

➣章程規定只能使用孳息。

➣再接受捐款部分已辦妥財產總額增加之變更登記。

利息收入

會費收入

允許的低風險投資孳息（例外：股利）

允許的低風險投資處分利益

無對價關係的政府補助（例如，為提昇社會福利機構之服務品質或為鼓勵業者配合辦理相關業務所給與獎助性質之各項補助費，且無須相對提供勞務或服務者）。

課稅所得之計算

如果有銷售貨物或勞務，則需進一步計算課稅所得：

1. 可減除不足支應數

計算課稅所得時，可扣除「銷售貨物或勞務以外之收入」不足支應「與其創設目的有關活動支出」之數額（簡稱「不足支應數」）：

課稅所得= 銷售貨物或勞務之所得- 不足支應數
=（銷售貨物或勞務之收入-銷售貨物或勞務之成本費用）-（銷售貨物或勞務以外收入-與創設目的有關活動之支出）

例如：

則：

➣銷售貨物或勞務之所得40，不足支應數-20 

➣課稅所得= 40 – 20 = 20

➣相反的，如果足以支應，則課稅所得維持原狀。

2. 可減除前10年銷售貨物或勞務損失

計算課稅所得時亦適用虧損後抵制度，但需注意只能扣除以前因「銷售貨物或勞務」所產生的損失，「非銷售貨物或勞務」所產生損失不得扣除。

二、支出方面的稅務問題

關於支出方面，需留意三個問題：

與創設目的有關支出> 總收入*60%

對海外捐贈與扣繳

向境外電商購買電子勞務

（一）用於與創設目的有關支出，不低於各項收入60%

這是非營利組織在稅務方面最重要的指標，如果未達標且超額結餘款超過50萬元，需要針對超額結餘款編列以後年度使用計畫，並經主管機關核准，否則可能失去免稅資格，視同一般營利事業課稅！另外，計算支出比率時需注意：

1. 分子、分母的內容

➣分母：總收入，包括上述三大類（銷售貨物或勞務收入、其他應稅收入、免稅收入）

➣分子：僅限與創設目的有關支出。但通常也包括銷售貨物或勞務相關成本費用，因為通常該行為會與創設目的相關。

2. 以前年度超額結餘款留用，與當年度支出比率無關​

如前面提過的，當支出比率未達60%且超過50萬元時，可針對超額結餘款編列使用計畫，報經主管機關核准後，供以後年度使⽤。需留意的是，以後各年度計算支出比率時，以前留用的結餘款不用計入收入²⁴，相關開銷亦不計入當年度支

出²⁵。換句話說，各年度動用比率獨立計算，不受跨年度留用結餘款影響。

3. 固定資產不得重複減除

非營利組織購置建物或設備等固定等資產，可一次性「全額」列為資本支出，或於耐用年限內按年提列折舊，但不得兩者並用，導致重複認列。不論計算支出比率，或計算前面提過的課稅所得，皆是如此。

4. 「與創設目的有關支出」含因銷售貨物或勞務產生之所得稅

如果「銷售貨物或勞務」與創設目的相關，則因此產生的所得稅亦可計入支出項下計算支出比率。

（二）對海外捐贈與扣繳

當台灣的非營利組織對海外捐贈時，會產生這個違反直覺的問題。根據稅法，受贈的海外團體因為產生台灣來源所得，除非事先經過台灣主管機關豁免稅負，否則應該繳納台灣所得稅，並應由台灣的非營利組織在匯出款項前扣繳20%，只能匯出剩餘80%到海外。台灣非營利組織即所謂的「扣繳義務人」，如果漏未扣繳，需承擔補稅及罰款責任。因此，台灣的非營利組織務必留意要在對海外捐款前，向主管機關申請免稅。

（三）向境外電商購買電子勞務

非營利組織工作人員如果搭乘Uber、使用Freepik圖庫製作網站、使用Adobe編輯文件、透過GoDaddy購買網域、使用McAfee防毒軟體、使用Dropbox共用檔案等等，因為目前這些境外電商無法開立三聯式統一發票，因此仍存在所得稅與營業稅問題：

➣所得稅：付款前應予以扣繳，並於付款後10日內繳稅及申報。

➣營業稅：按「「購買國外勞務」，於付款後15日內申報納稅。

三、其他

除了以上的收支相關稅務問題外，還有以下需留意：

（一）會計記錄不完備，失去免稅資格

非營利組織屬於「營利事業所得稅」裡面的特例，因符合特定要求而取得免稅資格；相反的，當不符合要求時即失去免稅資格，回歸「營利事業所得稅」。而免稅的其中一項要求是「有完備之會計記錄」，如果未能符合要求，將視同普通的營利事業課稅。案例：

捐款人在個人綜合所得稅列舉捐贈支出1,000萬元，但基金會當年度僅申報收入24萬元。經查，基金會收取1000萬支票後尚未兌現，故未列報捐贈收入。基金會短漏報捐贈收入情形，屬「會計記錄不完備」，補稅並處罰。

在此案例中：

➣ 短漏報捐贈收入：支票雖尚未兌現，但仍屬有價證券，該基金會應認列捐贈收入並申報。

➣視同「會計記錄不完備」：如果短漏報情節輕微，仍可視為「有完整之會計記錄」；但該基金會之短漏報情節重大，被視為「會計記錄不完備」，失去免稅資格。

➣失去免稅資格：捐贈收入1000萬元原本應免稅，但失去免稅資格後，按當年度營利事業所得稅率17%，補稅170萬元。

（二）適用租稅協定

除了公司、個人以外，非營利組織也是台灣的稅務居住者，具適用租稅協定資格。例如非營利組織因投資英國公司股票而獲配股利，則可適用中英租稅協定內的較低扣繳率。

（三）免暫繳申報

原則上，非營利組織每年九月免暫繳，不論前一年度有沒有銷售貨物或勞務、不論有沒有應稅所得，都不需要暫繳。

（五）免結算申報所得稅

以下組織如果只有捐贈、會費、存款利息三種收入，且年收入及總資產皆未達一億元，可免辦理所得稅結算申報：

➣同鄉會、同學會、校友會、宗親會

➣各級學校學生家長會

➣國際獅子會、國際扶輪社、國際青年商會、國際同濟會、國際崇她社

➣身心障礙福利團體（合於身心障礙者權益保障法第63條規定）、老人福利協進會、直轄市縣(市)政府義勇消防總隊（合於義勇消防組織編組訓練演習服勤辦法）

➣營利事業產業工會、各工會團體、各行業公會組織、公務人員協會

➣各縣市工業區廠商協進會、各縣市工業發展投資策進會、社區發展協會

另外，立案登記之寺廟、宗教社會團體及宗教財團法人，無銷售貨物或勞務收入且無附屬作業組織者，亦免申報所得稅³⁶。但以下屬於銷售貨物或勞務³⁷：

販賣宗教文物、香燭、金紙、祭品等商業行為收入。

供應齋飯及借住廂(客) 房之收入，訂有一定收費標準者。

提供納骨塔供人安置骨灰、神位之收入，訂有一定收費標準者。

財產出租之租金收入。